Diese Universitäten werden zunehmend beschuldigt, die Kriege des Regimes zu unterstützen. Vorwürfen zufolge ist das zionistische Regime seit 1996 Partner in europäischen Forschungs- und Entwicklungsprogrammen und erhält seitdem enorme finanzielle Unterstützung im Rahmen von Programmen wie "Horizon 2020" und "Horizon Europe".
Zwischen 2014 und 2020 erhielt das zionistische Regime 1,28 Milliarden Euro an Fördergeldern im Rahmen des Horizon-Programms und mehr als 747 Millionen Dollar im Rahmen des Horizon Europe-Programms bis 2021, die für wissenschaftliche und technologische Entwicklungs- und Innovationsprojekte ausgegeben wurden.
Führende israelische Universitäten wie die Universität Tel Aviv, die Hebräische Universität Jerusalem und das Technion-Institut profitieren direkt von der EU-Hilfe, um fortschrittliche Technologien zu entwickeln, von denen die meisten für Drohnen, Raketen und Verteidigungssysteme ausgegeben werden, die häufig an Palästinensern und in den palästinensischen Gebieten getestet werden, bevor sie eingesetzt oder der Öffentlichkeit zugänglich gemacht werden.
In diesem Zusammenhang hat Amnesty International in einem Bericht über die Rolle israelischer Universitäten bei der Unterstützung des Militärs und der Kriege des Regimes festgestellt, dass an israelischen Universitäten entwickelte Militärtechnologie bei Militäroperationen eingesetzt wurde, die nach internationalem Recht als Kriegsverbrechen gelten.
Ausnahmslos alle sieben großen israelischen Universitäten haben kommerzielle Unternehmen gegründet, die langfristige Partnerschaften mit der Militär- und Sicherheitsindustrie des Regimes unterhalten, was das Ausmaß der Überschneidungen und Verbindungen zwischen dem akademischen System und der Militärindustrie in Israel zeigt.
Die Rolle der israelischen Universitäten beschränkt sich nicht nur auf Forschung und Entwicklung, sondern erstreckt sich auch auf militärische Feldversuche, insbesondere im Gazastreifen, wo die palästinensischen Gebiete ein offenes Labor für diese Technologien sind, in dem eine Vielzahl von Waffen sowie Kontroll- und Überwachungssysteme an Palästinensern getestet werden.
Die Rolle der israelischen Universitäten beschränkt sich nicht darauf. Sie betreiben zudem eine diskriminierende Politik gegenüber Palästinensern, hindern sie daran, an von internationalen Institutionen finanzierten Kursen teilzunehmen, und unterdrücken jegliche Proteste palästinensischer Studenten gegen Israel oder die Kriege des Regimes im Gazastreifen.
Das Vorgehen der israelischen Universitäten ist in vielen europäischen akademischen Kreisen auf breite Kritik gestoßen.
Im Juli 2023 forderten mehr als 2.000 europäische Universitätsprofessoren und 45 Wissenschafts- und Bildungseinrichtungen die Aussetzung der EU-Hilfe und der finanziellen Unterstützung für israelische akademische Einrichtungen und Universitäten, die an der Entwicklung militärischer Projekte beteiligt sind.